Información sobre tributación de Moras (cobradas y pagadas)

Me han pasado un requerimiento por 1300 euros por una Mora que cobré en 2011. La cuestión es que esa Mora proviene de un error administrativo por el que pague unos impuestos a una administración equivocada ( los pagué a la hacienda estatal y debí pagarlos a la regional) Al solicitar la devolución al estado me pagaron unos intereses de Mora, pero evidentemente los pagué inmediatamente (en más cantidad) cancelando lo que debía haber pagado a la Juanta de Andalucía. Es evidente que estos intereses de Mora que cobré no me han creado ninguna ganancia patrimonial, ¿tengo alguna posibilidad de hacer alguna alegación de forma que se cancele este requerimiento?