Porque salen manchas marrones en el fondo de la piscina

Llevo un tiempo con unas manchas marrones en el fondo de la piscina, la limpio y al cabo de unas horas vuelven a salir.

Me han cambiado la arena (sílex, brazos de colectores) y después de hacer de nuevo el circuito de limpieza con barrefondo y filtrado durante horas, estoy igual.