Renta 2015 siendo a la vez autónomo y asalariado

Soy autónoma y hago mi declaración todos los años, estoy en régimen de estimación directa. Por otra parte, en 2015 me hicieron además un contrato de trabajo parcial. En la empresa donde trabajo me comentaron que me hacen las retenciones de manera que a final de año quede "en paz" con Hacienda. Por otro lado, en mis declaraciones como autónoma, me sale a devolver en los cuatro trimestres, a lo que tendría que sumar la deducción por la adquisición de la vivienda habitual y una pequeña cantidad de un plan de pensiones en 2015. Resulta que al meter todos los datos en el programa PADRE me sale a pagar, no lo entiendo. Es todo negativo y me sale a pagar...¿Hay alguna explicación, o es que al ser asalariada y autónoma a la vez los impuestos a pagar son más altos? ¿O dejo de meter alguna información y no me doy cuenta? He intentado a meterlo por separado y en ambos casos me sale negativa, al unir todos mis ingresos sale a pagar.