Modelo 145, pareja de hecho con dos hijos

Estoy recibiendo de la Agencia Tributaria comunicaciones en mi situación familiar desde el año 2011, eso por una parte y por otra en el modelo 145 he puesto la casilla numero 1 y solo me he desgravado un hijo, soy pareja de hecho. Tenemos dos hijos y nos indicaron en la Agencia Tributaria que teníamos que tributar por separado a efectos de la renta. Este año mi pareja ha tenido que hacer la renta por la venta de una vivienda, mi pareja no cotiza ni trabaja. Quiere decir que tengo a toda mi familia a mi cargo. No comprendo que teniendo a mis hijos a mi cargo y mi pareja no trabaje cotice más que una persona casada. Os agradecería que me comentaseis, cual es la mejor opción para mi. Agradecido de antemano. Reciban un cordial saludo.