Como Ejecutar Macros segundo plano

Me gustaría saber si hay algún software o alguna manera de ejecutar un software de Macro en segundo plano. Me explico.

Algunos software de macros como el "Tiny task" "jibit macro recorder" "pulover´s macro recorder" "perfect Automation" me premiten grabar secuencias de acciones, movimientos del teclado y mouse en ventanas espeficicas. La duda seria si existe una manera de que estas acciones se ejecuten en segundo plano sin tener que tener mi ventana activa por ejemplo:

¿Ejecutar click o ciertas teclas en una ventana especifica?

Tambien probe con la idea de virtualizacion de escritorios pero los macros solo afectan ventanas activas si cambio el escritorio virtual el macro continua sus funciones en el escritorio virtual activo.

Habria alguna forma de tener un escritorio virtual independiente con funciones propias, ¿sin qué afecte los otros escritorios virtuales?

Gracias por su colaboración y lo de los escritorios virtuales se que no hace referencia al tema que coloque en el titulo pero fue una idea que posiblemente ayudaría con el tema.