Atraso de la menstruación podría ser un embarazo

Buenas, estos últimos 3 meses he utilizado la inyección como anticonceptivo, el mes de enero me la aplique el 30, el mes de febrero el día 3 y el mes de marzo me la aplique el día 30 con la ausencia de mi menstruación a finales de marzo y los 28 días de abril osea hasta el día de hoy no ha llegado mi menstruación pero desde ayer y el día de hoy he tenido flujo vaginal de un tono beige o café muy clarito, me realice una prueba de embarazo el día 17 de este mes abril y a salido negativa, mi duda es si es un desorden hormonal o efectivamente es un embarazo.

Gracias de antemano por las respuestas.