¿Qué pasa si el certificado de retenciones es erróneo?

He recibido el certificado de retenciones correspondiente al año 2014. Sin embargo, según he contabilizado en las nóminas, tanto en el apartado "Importe íntegro satisfecho", como en "Retenciones practicadas", falta un importe XX que se corresponde con el IRPF que se me retuvo en la paga extra de junio. ¿Qué pasa con ese importe que no queda reflejado en el certificado? ¿Se lo queda Hacienda? Porque según la nómina a mí se me ha descontado.

He consultado a la empresa y me contestan con evasivas. Gracias de antemano.