Constructora me factura unos viajes

Buenas tardes, quisiera hacerles una pregunta sobre un tema relacionado con impuestos.

Soy un particular que ha contratado los servicios de una pequeña constructora para que me haga una reforma en una vivienda que tengo. Esa vivienda esta situada en una isla diferente a la que resido con lo que se tuvieron que hacer traslado de personal y material. En el presupuesto que yo acepté me presupuestaron unos 650€ en viajes.

Ahora esta a punto de finalizar las reformas y me han pasado, porque las he solicitado, todas las facturas viendo que, sorprendentemente, me pasan 3800€ en viajes. Les pedí que me pasaran todas las facturas de los viajes, ademas de las facturas de las compañias aereas y martimas que hayan utilizado. Al comprobar estas facturas, veo que ellos, a parte de facturarme mas viajes de los que se presupuestaron,  me estan facturando un 21% de IVA adicional sobre el importe de las facturas que las compañias les han facturado a ellos. Por ejemplo, si la compañia les ha facturado 100€ en un billete de avion, a mi me pasan 121€. 

Mi pregunta es ¿Esto es legal? ¿Una constructora me puede cargar un 21% de IVA sobre unos viajes actuando como suplido de las compañias aereas y maritimas? Maxime cuando a ellos las compañias les cargan  solamente el 10% de IVA

Por favor, ruego que me respondan ya que es una cantidad importante que esta en discrepancia.

Muchas gracias.