Requerimiento de hacienda por deducción de hipoteca

Estimados expertos:

He estado deduciendo por una vivienda que me compré hace años. La vendí y me acogí a reinversión. Me puse a hacer una casa y tenía sólo dos años para terminarla. Pagué parte con la venta de mi piso y pedí una hipoteca por 60.000 euros. Total que los albañiles que contraté no la terminaron en la fecha acordada y para que  hacienda no me penalizara y me cobrara por ese dinero se fotografió el exterior y se firmó el final de obra con todos los permisos. La vivienda continuó  construyéndose por dentro. Esto ocurrió en el 2004. Y este año finalicé de pagar la hipoteca. Ya en el 2009 hacienda me hace un requerimiento pidiéndome todas las factura de la construcción y así lo hice, aporté todo el montonazo de facturas. Este año con la declaración del 2013 hacienda me dice que hay algunas facturas posteriores al 2004 que ellos "entienden" que ya no pertenecen a la construcción de la vivienda sino a reformas posteriores. Lo consulté con un asesor y me dice que salvo que a hacienda les muestre un documento en el que yo pactara con los constructores fechas posteriores de pago, no tengo forma de demostrar que esas facturas pertenecen a la construcción de la vivienda.

Mi pregunta es si tengo forma de demostrar que esas factura pertenecen a la construcción, que además, forman parte de la partida, primero cimentación, albañilería exterior, fontanería, electricidad... Si la partida de alicatado es unos meses posterior al final de obra, a ellos no les interesa entenderlo así.

Otra pregunta, pasados tanto años, ya la empresa de construcción no existe. ¿Puedo hacer yo un escrito y presentarlo para salir del paso? O simplemente hacienda este año me roba 1.000 euros.

Muchas gracias anticipadas