Comparar contenido de dos archivos Excel

Esta pregunta está relacionada con otra que acabo de hacer hace un minuto, pero me pareció más ordenado hacer las dos consultas separadas.

Tengo 6000 archivos Excel cargados con cifras en dos columnas, con decimales. A los efectos de hacer la graboverificación, otro operador va a volver a cargar todo el contenido nuevamente en planillas vacías.

El trabajo posterior es comparar las versiones, e identificar si hay diferencias. Existe algún modo automatizado para hacerlo?

En resumen, habrá carpetas por ejemplo de la primer carga, conteniendo unos 50 o 100 archivos excel cada una, y habrá otra versión de la segunda carga, conteniendo las mismas carpetas, los mismos nombres de archivo y el mismo contenido. Y de allí se deben buscar las diferencias.

Gracias de antemano!