Comparar columnas en diferentes libros

Buenos dias... Mi consulta es la siguiente a diario en el trabajo tengo 2 libros en excel con 2 listados casi iguales de 5000 registros cada uno masomenos, uno se llama inicial y el otro final, los listados tienen datos numericos en la columna A y C (en la columna A claves y en la C cantidades), en la columna B esta la descripcion de la clave,  empiezan en ambos libros a partir de la fila 10 en adelante, mi problema es que el libro final siempre tiene menos claves que el inicial (como 5 o 6 normalmente), quisiera que me pudieran ayudar con una formula o macro que me permita señalar las claves que tengo de mas en el libro inicial (pintando la fila de un color o algo asi). Y si se pudiera insertar esa fila en el lugar donde deberia ir en el libro final, cambiandole la cantidad que va en la columna C por un "0", esto ya seria un EXTRA con que me señalen las claves que tengo demas ya es ganancia. MUchas gracias espero haberme explicado bien.