¿Cómo evitar que mi USB se infecte de virus en red?

Buen día, mi problema es que paso la mayor parte del tiempo en la universidad realizando mis trabajos ya que no cuento con un ordenador en mi casa que logra el objetivo de mis tareas y en la red escolar hay un virus que causa que todos mis archivos se conviertan en accesos directos, no en archivos fantasmas como cuando inserto mi unidad a alguna Mac si no accesos directos los cuales por obvias razones no encuentras la ruta del mismo y no se pueden acceder, en la escuela se corrió un programa llamado USB show que descomprime todos los archivos por así decirlo para obtener acceso a ellos pero esto no es una solución definitiva me gustaría saber si hay alguna manera de mantener protegida mi USB para no estar luchando contra este virus continuamente.

Saludos.

Gracias.