Problemas con InnoDB en UPDATE de muchas filas

Hola, buenos días.

Tengo un problema con una aplicación que no sé bien como solucionar. Antiguamente tenía unas tablas bajo motores MyIsam que me permitían actualizar de forma simultanea más de 3000 filas de una tabla sin problema utilizando una aplicación; he creado las tablas que usa dicha aplicación y las he definido como InnoDB por necesidades de concurrencia.

El caso es que ahora me encuentro un problema con el software que antes no tenía: Un usuario puede recuperar una lista de registros (digamos 3000) y tiene la posibilidad de hacer un update masivo de esos 3000 registros, pero a la hora de la verdad, el máximo número de registros por operación que se están actualizando es de 996; lo curioso es que entrando desde otra opción del software y seleccionando los 3000 registros del ejemplo, el máximo que se está actualizando es de 498, justamente la mitad de los 996 registros que se actualizan entrando desde otra sección.

En principio quiero pensar que el problema es de parametrización de variables asociadas en el server a InnoDB (antes usando MyIsam no existía este problema), pero me da "miedo" tocar la parametrización por si estropeo algo en el servidor. A día de hoy estas son algunas de las variables del server:

innodb_log_file_size=5 MB
innodb_log_buffer_size=8 MB

innodb buffer pool size = 128 MB

Memoria: 3.9 GB

había pensado en aumentarlo a :

innodb_log_file_size=100MB
innodb_log_buffer_size=20MB
innodb_buffer_pool_size=700MB

¿Es posible que el problema se deba exclusivamente a la parametrización de los valores Innodb en el server o se podría deber a restricciones de sentencias DB2 relacionadas con Innodb en el programa?

¿Los valores que tengo pensado aumentar ayudarían a evitar ese problema o se necesitan modificaciones adicionales de otros parámetros del server?

Muchas gracias por vuestro tiempo.

Saludos.