¿Cómo convivir phpmyadmin y mysql monitor?

Hola,

Tengo instalado en linux Ubuntu MySQL server y cliente. También tengo instalado XAMMP en la versión Linux es decir LAMMP. He creado bases de datos en ambas instalaciones. Las de MySQL las guarda en var/lib/mysql/ y las de XAMMP en opt/lampp/var/mysql/ lo único que quisiera es poder utilizar el programa monitor con las bases de datos creadas con phpmyadmin en su directorio.
Para que puedan convivir y trabajar con los instalaciones, trabajo así:
Si quiero hacer algo con phpmyadmin, debo detener el servicio mysql que se inicia en el arranque, lo hago con sudo /etc/init.d/mysql stop y ya puedo utilizar phpmyadmin. Si solo quiero utilizar mysql, entonces no lo paro, solo ejecuto el monitor y trabajo en mysql en su directorio sin problemas.
En phpmyAdmin le he puesto una contraseña a root para poder usar esta línea para activar el monitor con la clásica:
mysql -h localhost -u root -p
Según la pagina de Apache Friends el monitor esta en:
/opt/lampp/bin/ The XAMPP commands home. /opt/lampp/bin/mysql calls for example the MySQL monitor.
Yo nunca he podido arrancar el monitor para trabajar con las bases de datos creadas con phpmyadmin en su directorio. He hecho la prueba con lampp arrancado y lampp parado.
siempre tengo esta respuesta:
ERROR 2002 (HY000): Can't connect to local MySQL server through socket '/var/run/mysqld/mysqld.sock' (2)

La otra parte seria, seria al pregunta inversa. ¿Puedo trabajar desde phpmyadmin las bases de datos creadas con mysql monitor sabiendo que monitor las crea en otro directorio?. Si es posible ¿como las puedo ver desde phomyadmin'

En fin se que es un poco de lío, agradecería mucho si alguien sabe como resolver algo tan simple a primera vista.
Saludos y gracias