Flujo café, ¿Menstruación o embarazo?

Hola a todos!

Les cuento, mi ultima regla fue el 17 mayo y el 22 del mismo mes tuve relaciones con mi novio sin protección. Por un tema de control fui ver a mi ginecóloga y me recetó el anticonceptivo novafem yaque mi periodo es irregular, me inyectó el anticonceptivo el 11 de junio y me advirtió que se podrían haber cambios en mi ciclo. Hoy es 30 de junio y tengo dos semanas de atraso, el día de ayer en la noche empecé con unas pequeñas manchas en mi protector diario de color café, antes de dormir me lo cambie y hoy en la mañana seguía con esas manchas, no es nada abundante. El tema es que no sé a que atribuirlo, si a que podría estar embarazada o al anticonceptivo, no he presentado ningún síntoma de embarazo pensando que hipotéticamente llevaría 6 semanas. Estoy un poco preocupada ya que investigué y la inyección también me la administraron varios días después de los que se debería.
Agradecería que me respondieran claramente. Muchas gracias.