¿Flujo marrón?

Hola mi pregunta es la siguiente.
Mi ultima menstruación comenzó el día 20 de agosto. El día 24 de agosto tenia cita con la ginecóloga y me dijo que podía comenzar ese mismo día con las pastillas anticonceptivas Yazmin. Llevo menos de un mes tomándolas todos los días y ayer 12 de septiembre, dos días antes de terminar las pastillas amarillas (antes de las de descanso) me vino una especie de flujo marrón con bastante dolor en los ovarios como si me estuviera por indisponer.
¿Puede ser por las pastillas? ¿A qué se debe? ¿Qué tengo que hacer? ¿Sigo tomando la pastilla que me queda amarilla? ¿O empiezo con la de descanso? Por favor necesito ayuda!