IVA soportado como freelance de cursos bonificados

Hola. He empezado a trabajar como freelance en una consultora que vende servicios a las
empresas y tramita cursos de formación a través de la Fundación Tripartita, para
que la empresa que los contrate se pueda bonificar el coste del curso
contratado en el pago de los seguros sociales. La comisión que percibo es
variable, dependiendo de que la contratación sea directa, o sea por medio de un
colaborador. En los dos casos, si vendo un curso, a la hora de hacer una
liquidación tengo que emitir una factura deduciendo el 18% de IVA, con lo que el
total de la comisión pactada lleva el IVA incluido. Es decir, si yo vendo un
curso que vale 420 € por medio de un colaborador mi comisión es del 25%, que son
105 €. Tengo que emitir una factura deduciendo el 18% a los 105 €, por lo que
la base imponible es de 88,98 €, y el IVA son 16,02 €. Si vendo un servicio que
no lleve curso de formación no me liquidan de esta manera, sino que me pagan el
25% de comisión mas el 18% de IVA. Respecto de los cursos me dicen que, como la
formación no lleva IVA, al importe de mi comisión le tengo que deducir el 18% de
IVA, con lo que el IVA lo soporto yo. ¿ Es esto correcto ?. ¿No debería la
empresa pagarme el IVA, y al final del ejercicio solicitar a la Agencia
Tributaria la devolución del IVA que me ha pagado ?. Un saludo, y
gracias.