Baja laboral

Hola,
el dia 31 me despidieron de la empresa donde trabajaba estando embarazada, ya se ha hecho el acto de conciliacion a mi favor con la correspondiente indemnizacion. El día 2 de septiembre me cogí la baja con la seg. Social, para poder cogerla cuando de a luz la de maternidad, y para que no me llamen de ningun puesto de trabajo. Ayer fui a arreglar el paro para poder percibir la prestación y me dijeron que he estado dada de alta en la empresa hasta el dia 2 de septiembre porque me quedaban dos dias de vacaciones, con lo cual, no me pagaría el inem, sino mi mutua, aun no se lo que tengo que hacer, estoy esperando a que me responda la abogada, porque no sé si tengo que ir a la mutua con la que trabaja la empresa, o a algun otro lugar.
Mi pregunta es que si ahora va a pagarme la mutua, estando despedida, me va contando el tiempo de mi paro? Las 16 semanas de baja maternal, me las pagaría el inss? O la mutua?
Gracias por adelantado