Quien paga despues del traspaso al inss

Buenas tardes,
soy aux. Administrativa en una bodega, por enfermedad común, llevo 1 año de baja, esta misma semana he pasado ya por tribunal medico, lo cual quiere decir que me han echo un traspaso al inss, hasta hoy, mi empresa me ha pagado el 100% de la nómina (así lo establece el convenico colectivo), pero precisamente hoy, que es día de cobro, he visto que la empresa sólo me ha pagado algo más del 50 %, el resto qué falta quien me lo tiene que pagar?? Quién estipula el porcentaje que me tiene que pagar la empresa?
Gracias de antemano

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