Separación de bienes tras el matrimonio

Mi mujer y yo queremos hacer separación de bienes porque, aunque seguimos casados legalmente, vivimos separados desde hace año y medio. Yo tengo un piso que compré antes de casarme y está a mi nombre, pero la hipoteca actual, aunque la pago yo, está a nombre de los dos. ¿Sería esto un problema para hacer la separación de bienes? ¿Tendría qué modificar la hipoteca?.
Gracias por su respuesta.