Tributación 1% extinción de condominio

En el año 2.004 compré una vivienda, al 50%, en proindiviso, con un vecino y amigo. Yo me dedico al tema inmobiliario y allí establecí mi oficina y mi vecino y amigo, que tiene conocimientos fiscales, preveía montar su oficina para hacer rentas y temas fiscales. La compra se hico subrogándonos en el préstamo hipotecario que gravaba la vivienda, en esa fecha unos 32.000 €. La comunidad en la cual está la vivienda en aquellos tiempos estaban haciendo reparaciones, construir una terraza comunitaria y colocación de ascensores en las tres escaleras, arreglo de bajantes comunitarias y reparación de tuberías y saneamiento de la camara sanitaria del edificio porque estaba deteriorada. El edificio tenía unos 45 años, muy antiguo, de ahí el precio. En el año 2.007 mi vecino y condueño de la vivienda necesitaba dinero y me ofreció o bien vender la vivienda o que le abonará su 50 %. Al final me quedé con el 100% de la vivienda mediante una extinción de condominio. En esas fechas ya habián terminado las obras de rehabilitación, se habían colocado los ascensores, se había realizado la terraza comunitaria y demás obras, con lo cual la vivienda valía más. Llegamos al acuerdo de valorar la vivienda en 79.000 y quedaban de préstamo hipotecario unos 25.000€, yo me quedé con el préstamo hipotecario y le dí en notaria 27.000€ (79.000€[valor acordado] - 25.000€ [pendiente de hipoteca] = 54.000 [valor neto]; estos 54.000 dividido entre dos = 27.000 €,que es el dinero que le entregué en notaria.
Liquidé de impuestos en la consejería de hacienda de Murcia y me hicieron una liquidación del 1% sobre los 27.000 €= 270 € que pagué y otra liquidación por la subrogación que resultó de 0€.
Y ahora biene la sorpresa, el 22 de Julio de 2.011 me llega una carta de la Consejería de Hacienda diciéndome que se abre un procedimiento de comprobaciòn de valor declarado en la extinción de condominio, según la Consejería hay que liquidar el 1% sobre los 79.000€ declarados en la escritura= 790€ y que como aboné 240€, faltan 550€ más intereses y me dan 10 días de plazo para que alegue lo que estime oportuno.
La escritura de extinción de condominio se hizo al amparo del artículo 1062 del Código Civil, el Notario autorizante hace constar el valor del inmueble, los 79.000€, valor del bien que yo me adjudico y que me subrogo en los 25.000€ que quedan de hipoteca, que el valor neto es de 54.000€ (valor del bien-hipoteca), y que abono al otro condueño la mitad del valor neto, es decir, 27.000€ (exceso de adjudicación)
Con todo lo explicado me podrían decir si está bien liquidado el 1% de AJD.
¿Que podría alejar en esos 10 días que me han dado para presentarme en la Consejería y hacer la alegación.?
He intentado recabar información al respecto y hay disparidad de criterios, sentencias judiciales contradictorias, no está claro las sentencias de los TEAR e incluso de la DGT
Lo que no puedo entender es que la Consejería quiera cobrar el 1% sobre el valor total declarado en la escritura, cuando el 50% de la vivienda ya es mia. Si fuera así tributaría dos veces por mi 50%, una vez cuando compré en proindiviso en el año 2.004 y que pagué el 7% de ITP y ahora pagaría otra vez, si el 1%, pero sobre el total que engloba mi 50%.
Me puede aconsejar algún experto fiscal.
Gracias.