Prescripción retenciones

Me comunican en Hacienda que les consta que en el año 2.006 he cobrado más dinero que la cifra que aparece en el certificado que ese año emitió la empresa, resultando cierto pues se me pagaba una parte del sueldo en B haciéndonos firmar un recibo a la entrega, en concepto de ayuda a vivienda o locomoción.
A consecuencia del reconocimiento de esa demasía de pago ante Hacienda por parte de mi pagadora, a ésta le han exigido el ingreso de las retenciones correspondientes.
En el año 2.010 sigo trabajando en esta misma empresa aunque con otro contrato diferente (ha habido al menos 4 contratos entre el 2.006 y la fecha actual.
Si decido presentar la declaración complementaria, que en Hacienda me aconsejan que haga, ¿puede la empresa solicitarme la devolución de esas retenciones?