Reinversión vivienda habitual

Me acabo de casar. Yo tenía el 100% de mi vivienda habitual, mi mujer el 100% de la suya. Las hemos vendido y nos hemos comprado otra casa al 50%.
En los dos casos, el 100% de la primera es un importe menor que el 50% de la segunda. Los dos reinvertimos la totalidad de lo conseguido con la venta de nuestras casas.
Ahora, en Hacienda me dicen que hemos pasado del 100% de titularidad al 50% y que solo podemos acogernos a la exención por el 50%, aunque hayamos reinvertido todo el importe. Y que por el otro 50% tenemos que pagar en Renta.
A la vista del Reglamento del IRPF, de todas las consultas en los foros y demás, yo sigo entendiendo que siempre se hablan de cantidades, no de tantos por cientos. Si reinvierto todo lo conseguido, entiendo que lo estoy reinvirtiendo todo en mi vivienda habitual.
Les pedí en qué apartado de la ley se recogía lo que me estaban contando, y con bastante apatía me remitieron al código civil.
Me gustaría conocer su opinión.