Hacienda

Buenos días, mi pregunta es la siguiente una vez que se modifica el borrador, ¿hacienda vuelve a calcular los importes o solamente comprueba si lo modificado es lo correcto?. Te digo porque mi novio vendió un piso en 2006 (vivienda habitual) y le dijeron que tenia que pagar el 15% de la ganancia de la venta a hacienda al no haber invertido en un periodo de 2 años en otra vivienda habitual, (en diciembre de 2007 ya pago 5.000 euros) el año pasado firmamos el contrato de un nuevo piso y dimos unas entregas a cuenta, le ha llegado el borrador y le viene con 0, no aparecen las entregas del nuevo piso y tampoco si tiene que pagar todavía algo del que vendió, entonces no sabemos si modificarlo para que le den la deducción por entregas a cuenta o confirmarlo para que no tenga que pagar. ¿En el caso que haya que pagar hacienda te lo podría avisar en cualquier momento o solamente con las declaraciones? ¿Por qué si prescribe a los 5 años hasta 2011 se lo podrían comunicar no? Muchas gracias por tu tiempo.