Nomina autónomo

Hola, tengo una duda importante. Un autónomo ha pasado de persona física a s.l. Y debo hacerle una nomina para que declare ingresos. No se que es mejor si ponerle una nomina alta para declarar el gto en el impuesto de sociedades y así evitar que no de beneficio para evitar el impuesto o bien si la empresa no va a dar beneficio no hacérsela ya que aumentaría mis perdidas o que los ingresos no sean muy altos por si no pudiera recuperar las retenciones. ¿Qué es lo más habitual y lo que se suele hacer? Aunque ya se que cada empresa es un mundo. Aconséjame que harías tu. Un saludo