Venta y compra de vivienda

En el año 2006 vendo mi vivienda y compro una nueva. Gano sobre 12.000 euros. Mi esposa y yo estamos en régimen de gananciales. La casa antigua era de los dos y la nueva la hemos comprado los dos. A la hora de la declaración de la renta decidimos hacer toda esa imputación, tanto de la compra como de la venta por la totalidad en la declaración de mi esposa. Ahora Hacienda me requiere y me dice que eso no puede hacerse así, que tenía que haberse computado al 50%. Yo tenía entendido que a la hora de desgravar por la hipoteca, se puede aplicar directamente en un cónyuge y no necesariamente a ambos por mitad. Es mucha la gente que así lo hace. Siendo esto así, la imputación de la ganancia patrimonial ¿Es verdad que se tenga que hacer obligatoriamente al 50%? Gracias de antemano por tu respuesta.