Autónomo

Mi marido se hizo autónomo hace unos meses, sector de la construcción-instalación. Nos aconsejaron el régimen de estimación directa pero por lo visto nos hubiera sido mejor el sistema de módulos. Me han dicho que hasta dentro de 3 años no puede cambiar.
Si constituimos él y yo una sociedad civil ¿cómo funciona el tema de los impuestos?