Fecha baja IT no se sabe a la hora de hacer la nómina

Con el colapso de los centros de salud, me estoy encontrando con algunos trabajadores que llega final de mes y no tengo la baja de IT que ha podido tener unos días antes, entonces me dan el papel de baja pasado el mes natural e incluso a veces cambia los dias de baja de lo que ellos consideran a la baja que le da el medico, por lo que hasta que no veo el papel de la baja no se puede aplicar en la nomina.

Entonces se me ha dado el caso de que la nomina de diciembre no tenia el parte de baja IT y se hizo nomina integra normal, y cuando me dio la carta de baja y era con fecha de 25/12, asi que en estos casos se puede regularizar en la nomina de enero o como se puede hacer si llega final de mes y no tienes el documento de la baja y los dias que corresponden a ese mes?