Días de exceso de jornada con una baja

Trabajo en la limpieza, mi convenio es limpieza de oficinas y edificios. Mi jornada de trabajo es de 8 horas de tarde de lunes a viernes, cogí una baja de dos meses por enfermedad común, mi duda es si ¿podría coger los días por exceso de jornada? Según mi responsable no me pertenecería por a ver estado de baja.

¿Computan o no computan las bajas?