Nueva baja tras IT ,pero el INSS considera Recaída (dudas)

Después de un año en IT, por las secuelas de una operación de rodilla, el pasado 16 de agosto de 2018 El EVI me dio el ALTA, después de esta ALTA y dentro de los 180 días posteriores, concretamente el 25 de Septiembre de 2018 mi medico de cabecera me dio una nueva baja POR DEPRESION. El 4 de Octubre fui citado por el EVI, pues el articulo 170.2 de la Ley de la S.S. Dice que UNICAMENTE EL INSS puede emitir una nueva baja medica por la misma o similar patología. Hoy 31 de Octubre recibo una Notificación donde se me comunica que se ha EMITIDO UNA NUEVA BAJA MEDICA con Fecha 25 de Septiembre de 2018 y se me ha concedido UNA PRORROGA POR RECAIDA, que no podrá superar los 180 días. Mi duda es ¿cómo es esto posible, pues NI ES LA MISMA PATOLOGIA NI ES SIMILAR, pues yo estaba en IT por las secuelas de la operación de Rodilla y ahora es por DEPRESION? ¿Debo reclamar y dejar claro esto? Y otra cuestión, el mes de Septiembre y octubre me ha pagado la empresa y ahora observo que hay fechas solapadas, en la resolución que he recibido hoy pone fecha del hecho causante 25/09/2018 y aclara . " La empresa debe mantenerle de alta y cotizará la aportación empresarial a la S.S.2" (...) este instituto le pagará directamente la prestación de IT, para lo cual deberá presentar una solicitud en el CAISS ... La duda es ¿A partir de cuando me paga la SS? ¿A partir de cuando he recibido la notificación, es decir a partir de hoy? ¿O partir de la fecha del hecho causante el 25/09/2018 , si es así ya me ha pagado la empresa, y por tanto tendría que devolver el dinero cobrado de Septiembre y octubre?