Buscaba en la red lo mismo que tú y he encontrado el siguiente link que puede ayudarte:
http://mindprod.com/jgloss/base64.htmlBásicamente, te explica que existen clases en java para codificar y decodificar en base64, pero que no están documentadas. Esto significa que puedes usarlas, pero no son oficiales, y por tanto podrían desaparecer en cualquier momento, aunque yo personalmente lo veo bastante improbable.
Te pongo aquí un ejemplo para codificar y decodificar el byte[] byteArrayToEncode
//Codifica:
BASE64Encoder b64enc = new BASE64Encoder();
String coded = b64enc.encode(byteArrayToEncode);
//Decodifica
BASE64Decoder b64dec = new BASE64Decoder();
try {
byte[] output = b64dec.decodeBuffer(coded);
} catch (IOException e) {
//...
}