Función de fechas

Usa las funciones de calendario para pasar de una fecha gregoriana a días, para obtener el numero de días.
Te doy la url de la función que hace esto .
http://www.php.net/manual/es/function.gregoriantojd.php
Debes tener en cuenta que php debe estar compilado con la opción de calendario, característica que no se si soporta PWS/IIS-win98/ NT

Para trabajar cómodamente con las fechas en PHP necesitas instalarte un modulo llamado Calendar. Si compilas php en Unix añade --enable-calendar al ./configure. En Windows no sé si ya lo traerá por defecto el intérprete. Me suena que sí.
Sabiendo que 1 día = 24 horas = 86400 segundos:
$timestamp = time();
$fecha_hoy = getdate($timestamp);
$fecha_ayer = getdate($timestamp - 86400);
$fecha_ayer_cadena = sprintf("%04d-%02d-%02d %02d:%02d:%02d", $timearray["year"], $timearray["mon"], $timearray["mday"], $timearray["hours"], $timearray["minutes"], $timearray["seconds"]);
¿Te sirve?

Lo cierto es que yo no soy un experto en Javascript...
Sea como fuere, a ver si te puedo solucionar algo.
Primero, no dices si las dos fechas se introducen por formulario o una de ellas es tomada del sistema, y es importante/esencial saberlo.
Imaginando que es ésto último, y puesto que dejo mucho que desear como programador de javascript, te voy a remitir a una dirección web:
- http://www.webtutorial.com.ar/javascript/deposito/cuentapro.htm
- http://www.webtutorial.com.ar/javascript/deposito/cuentareg.htm
Estos 2 ejemplos hacen un tratamiento de la fecha para que muestre, en el primer ejemplo (cuenta progresiva), los días pasados desde una fecha concreta introducida como parámetro hasta la actual (la que tenga el sistema). En el segundo ejemplo (cuenta regresiva), muestra los días que faltan desde la fecha actual (la que tenga el sistema) hasta otra, igualmente, introducida como parámetros en la función.
Si en ninguno de estos ejemplos encuentras solución a tu problema, explícame de dónde salen esas fechas y veremos cómo lo hacemos ;)
Un saludeT

¿Qué sentido tiene hacer una pregunta de Windust, en un grupo de Linux?
La función la puedes hacer con cualquier lenguaje de programación que funcione a través del CGI de tu maquina Windust, pero como no das detalles de que estas usando, no creo poder adivinar.