¿Dos bases de datos para una aplicación?

Hola!
Tengo una base de datos con tablas generales (como la tabla Clientes, Empleados, Empresas, etc..) Dicha base de datos la quiero utilizar en varias aplicaciones, en un futuro. De momento sólo voy a construir una aplicación. Mi duda es la siguiente:
¿Es recomendable manejar la base de datos general y construir además una específica para cada aplicación? Hay que tener en cuenta, que ambas bases de datos pueden tener tablas relacionadas entre sí.
Es posible hacer esto en SQL Server, he estado mirando la herramienta gestora de base de datos que viene con SQL Server y no veo la posibilidad de establecer una relación entre una tabla de la segunda base de datos y una tabla de la primera.
Por favor, agradecería cualquier comentario, ya que soy novato en esto y me veo obligado a elegir una opción que no se si me traerá problemas en un futuro.
Gracias.

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Si las aplicaciones son de diferente tipo, como por ejemplo Recursos Humanos y Facturación, es conveniente guardarlas en bases de datos distintas. Si es posible establecer relaciones entre tablas de diferentes bases de datos. Para este fin es necesario que en cada campo de relación incluyas el nombre de la base de datos. Por ejemplo: BaseFacturacion. Vendedor. clicod = BaseRRHH. Empleado. Clicod. Existe mucha información al respecto en la ayuda de SQL Server

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