Marcelo Origoni

Creo que lo más fácil es hacerlo por PHP, ya que javascript por si sólo, no puede conectarse a la base de datos

Lo mejor es que cheques la página de pdf lib, aquí está la documentación pertinente (en inglés) http://www.pdflib.com/pdflib-cookbook/pdf-import/crop-imported-pages/, esa función te permitiría abrir un archivo pdf existente, y hacerle un crop...

Me parece que te estas confundiendo, con javascript no es posible ni siquiera crear un archivo, mucho menos darle atributo de "solo-lectura" Verifica que lo que crea el archivo no sea ASP o PHP.

Necesitaría ver el código para poder analizarlo, y decirte donde está la falla

EL problema no está relacionado a javascript, la sintaxis es correcta. Mi recomendación, es que intentes en otro navegador, a ver si sucede lo mismo.