Estadística. Qué prueba elegir para saber si un nuevo tipo de recogida de datos es o no válido.

He recogido 8 muestras de datos microbiológicos en 15 poblaciones distintas con un método tradicional. Y una muestra en todas esas poblaciones con una nueva herramienta. Los datos obtenidos a priori son muy parecidos.
¿Puedo usar una chi cuadrado de las medias de las muestras iniciales para compararla con la muestra obtenida con la nueva herramienta? ¿O tendría que utilizar todos los datos en su conjunto utilizando también una chi cuadrado? (Lo cual me da 98 grados de libertad...) O tendría que utilizar otro tipo de análisis, y si es así ¿Cuál sería?