Como limpiar de manchas una piscina de obra recubierta de fibra de vidrio

Tengo una piscina construida hace más de 20 años revestida con fibra de vidrio, pintada de blanco y mantenida perfectamente durante todo ese tiempo. Hace 2 años salieron unas manchas oscuras en el fondo de la piscina y nos aconsejaron en una tienda de Pintura Náutica pintar con gel-coat y cloro caucho.. Durante todo el verano se mantuvo en perfecto estado hasta el invierno que han vuelto a salir otras manchas de color arcilla en paredes y fondo de toda la piscina. Lo curioso es que toda la línea de flotación hasta el borde está perfectamente de color blanco como se pintó en su momento, el resto hasta el fondo del color arcilla y el agua de la piscina totalmente clara sin oscurecerse. He reclamado a la tienda de la pintura a ver si me pueden dar alguna explicación del porque se pone así la piscina ya que fueron ellos los que me aconsejaron la pintura y la manera de utilizarla pero, no saben.. Añadir que el agua de la piscina es de desalinizadora la misma que utilizamos como siempre en toda la casa. Agradecería si me pueden ayudar puesto que ya no sé a quién recurrir.