¿Como se puede registrar finca segregada con carga?

Estamos a la espera del registro de la segregación por parte del vendedor en el registro de la propiedad para realizar la compraventa. Hay un terreno matriz, que se ha dividido en 3 parcelas y va a realizar una escritura única, entiendo que cada una con su respectiva referencia catastral. Nosotros solo compraremos una de las partes. Hemos pedido por nuestra cuenta la nota simple de la finca matriz y nos hemos encontrado con la siguiente carga:

Fuera de ordenación sin acreditar. El incumplimiento del articulo 20.4 de la ley de suelo se ha notificado al ayuntamiento la practica de la inscripción de esta obra nueva al no haberse acreditado que dicha obra se ejecutara con la preceptiva licencia municipal, a fin de que dicho ayuntamiento haga constar en el registro la situación urbanística de la finca y las medidas de disciplina que, en su caso pudiera adoptar, dada la posibilidad que la obra no se ajusta a la ordenación urbanística. 18 de diciembre de 2014.

1 DUDA: Ya tenemos en nuestro poder la aprobación por parte del ayuntamiento de la segregación por lo tanto ¿desaparece esta carga?

2 DUDA: ¿Se puede registrar una propiedad que tiene cargas?

A ver si alguien nos puede ayudar ya que entendemos que esta carga nos puede echar por tierra la hipoteca en el banco que la tenemos preconcebida, ya que estamos a la espera de de pedir la nota simple de nuestra parcela una vez la hayan registrado.