Ser autónomo con recargo de equivalencia y comprar en Amazon (u otras tiendas) ¿Es viable?

He decidido emprender y abrir mi propio negocio como autónomo en un sector en el que he trabajado los últimos 10 años como empleado. Se como funciona toda la parte de gestión, pero la de contabilidad, impuestos y demás voy perdido.
Con los proveedores habituales, con los cuales tengo contacto, no hay problema, se que simplemente debo avisarles de que deben facturarme con Recargo de Equivalencia y ya esta. Pero se cierto que a veces, bien sea por ofertas puntuales de Amazon (o cualquier otra tienda online o gran superficie) o porque no se encuentra el producto en ninguno de los proveedores, sale mas barato o incluso es la única opción comprar en estos sitios.
¿Es viable? O ¿Puedo tener problemas? ¿Cómo debería hacerlo?