Piscina manchas marrones luego de lluvia

Tengo piscina 6 x 4 aprox descubierta, la semana pasad la limpie y puse ph+ para levantar ph y cloro que estaba bajo. Eso fue el sábado.

En la semana llovió un par de días y la piscina quedó sucia en el fondo, la fui a limpiar hoy jueves hoy y salen aspirando los residuos pero en el fondo de la piscina qudaron manchas marrones que no las puedo sacar cepillando.

No tengo nada de metal en la piscina, ¿qué puede ser y que recomiendan para que salgan las manchas?