No puedo empadronar a mi hija, por que su padre biológico está desaparecido hace doce años.Es legal esta negativa del Ayunt?

Hace doce años tuve a mi hija, su padre biológico, con el cual nunca estuve casada ni conviví más de seis meses, desapareció por un escabroso tema de presuntos tocamientos a mi hija. Al no poderse comprobar los hechos, pues mi hija tenia tres años, el fiscal lo archivó. Ahora después de doce años, viviendo siempre conmigo, siendo empadronada conmigo siempre, me encuentro un ayuntamiento que me pide un papel oficial donde conste mi custodia sobre la niña, papel que no tengo, pues nunca me hizo falta, además no sabemos nada del padre desde hace diez años. Sin este papel se niegan a empadronarse a mí y a la niña, con lo cual no tenemos ni médico ni instituto para ella. ¿Esta negativa es legal? Pueden dejarnos sin empadronamiento, ¿y sus consecuencias? ¿Qué podemos hacer? Estamos en Manresa(Cataluña)Me da miedo tener que buscarle, era un hombre violento con antecedentes penales de los cuales me enteré años después...