Cobro de cheques por ventanilla

Mi pareja trabaja en guinea con un contrato y empresa española, el caso es que por nomina cobra su sueldo pero cuando vuelve (cada tres meses) le doblan el sueldo.. Pero esta parte se lo pagan en cheques nominativos por importes de 3000 o4000 euros... ¿estos importes como los declara? La empresa, si esta pagando en negro, ¿no actúa de manera ilógica al hacer los pagos a través del banco? ¿Corre mi pareja algún riesgo de ser investigado por hacienda?