¿Es correcto pagar 2 veces el impuesto de plusvalía?

Acabo de ir a informarme al ayuntamiento de Madrid para saber cuanto hay que pagar de plusvalía de un piso en herencia para mi mujer y su hermano; ya que mi suegro a muerto el 16 de Junio. Me han dicho que se tiene que pagar 4622 €, ya que han subido el valor del terreno de unos 23.000€ a 53133€. Hace 3 años, al morir mi suegra se pago la plusvalía que ascendió a unos 94€. Les comenté que si hace 3 años ya se pago una parte del impuesto, porque ahora, a la muerte de mi suegro se tiene que pagar de nuevo la totalidad del impuesto. Me comentan que sólo se paga el 50%, ya que me hacen el cómputo siguiente:

53133€ x 60% x 29% / 2 = 4622€ Me dicen que al dividirlo entre 2 pagamos el 50% y yo les comento que no es cierto, que estamos pagando el 100% sin tener en cuenta el pago del impuesto hace 3 años, ya que esa división entre 2 es el 50% de bonificación por ley que se aplica al 100%, según el valor catastral del suelo.

LLegados a este punto me dice una serie de cosas que no comprendo