Efecto civil de separación eclesiática antigua

Mis padres se separaron por la iglesia en 1978. Desde entonces, no hemos tenido contacto alguno con mi padre ( nuca pasó pensión ni visitas, nada). 

Mi madre falleció hace 3 años, y lo que heredamos es un terreno de mi abuela materna ( que había heredado mi madre) y una pequeña cantidad de una cuenta de mi madre (única titular) en el banco.

Tanto mi hermano como yo, hemos liquidado el impuesto sobre la herencia, e incluso no hemos hecho cargo de deudas de mi madre.

Ahora, para acceder al dinero del banco nos piden una declaración de herederos, y nos dicen que, al estar mis padres sólo separados por la iglesia, es como si no estuviesen divorciados, y mi padre sería un heredero más.

Siendo una persona poco recomendable, con numerosas deudas de juego ..etc. Queremos evitar esto.

Mi pregunta es:

Cuál es el proceso para darle efecto civil a esa separación eclesiástica? Sería costoso e incluiria que mi padre nos pudiese localizar?  Al no existir en aquella época el divorcio, bastaría con llevar la sentencia al registro civil?

Muchas gracias.