Prefiltro de la depuradora se vacía tras apagar bomba piscina

Buenas noches, 

tras apagar la depuradora se pierde el cebado de esta en el prefiltro y se bajá el agua. Luego tras encender de nuevo le cuesta de nuevo llenarse de agua.

el skimer llevo tiempo teniendo problemas pues no es capaz de arrastrar el solo con la suciedad de la piscina, he vuelto a probarlo y entra mucho aire y suena fuerte el motor.  Siempre lo tengo junto el de fondo bien abierto.

He cerrado las llaves en funcionamiento y apagado la bomba. Mantiene el nivel perfectamente. Abriendo cada uno de las llaves se mantiene tb sin bajar el nivel.  Entonces por que se me baja cuando paró la bomba? 

Hay otras pruebas que nos indiquen que es lo que puede pasar?

Tras parar suena ruidos de agua

un saludo y gracias