Realización de Software

Hola soy mary c. Estudiente del octavo semestre de ingenieria de Gas, y estoy realizando mi tesis en el DISEÑO DE UN SOFTWARE, O UN PROGRAMA, que permita simular pruebas hidráulicas en sistemas de tuberias de producción, pero lo quiero realizar con fines didacticos es decir para dejarlo en el laboratorio de la Universidad, en fin ese no es el caso, el caso es que no encuentro por donde empezar, lo quiero hacer en java, necesito orientación por favor, ayudenme! Se les quiere un besote.