¿Por qué a mi novia le vino flujo marrón en vez de la menstruación?

Hola! Me llamo Marcelo Zapettini y tengo 17 años. Resulta que mi novia (15 años) y yo tuvimos relaciones sexuales el día 8 de diciembre con preservativo y con eyaculación fuera de la vagina. El 22 de ese mismo mes le vino la regla de color normal pero poca. Y Resulta que el 22 o el 23 de enero , le sale flujo marrón durante 5 o 6 días en vez de la menstruación. Mi novia es regular y hace un año tuvo un quiste. Estamos con mucho miedo y preocupados. ¿Que puede ser lo que le este pasando? AYUDA Muchas Gracias