Horas de convenio y baja médica

Hola. En mi empresa, las horas sobrantes que salen del convenio y las trabajadas en cada mes, el jefe las coloca entre los meses de Junio, Julio, Agosto y Septiembre, trabajando 7 horas pero cobrando las 8 horas, y esa hora multiplicada por x días y por 4 meses, salen las horas de más que hacemos por convenio. Pero yo, he estado de baja por operación de Mayo a Octubre, con lo que la empresa dice que esas horas las pierdo al estar reflejadas en el calendario laboral, según contestación del gremio. Trabajo de instalador eléctrico. Tiene razón la empresa o no. Las vacaciones si que me las han dado y disfrutado. Espero haberme explicado. Gracias.