Autónomo

Trabajo para una empresa a comisión, con la que firme un contrato mercantil, y solo facturo con ellos, ¿debo pagar mis autónomos o la empresa tiene que pagarlos por mi? Puede la empresa descontarme de mis comisiones gastos por coche de empresa ( con logos, etc...¿)?, gastos de viaje (vuelos, dietas y hoteles,...) ¿En la Península y en el extranjero?, ¿Debe la empresa pagar mi gasolina?