Duda alta de autónomo en módulos

Hola tengo una duda para darme de alta en hacienda como autónomo. Voy a desempeñar varias actividades, con las dos puedo acceder a módulos, pero no me interesa porque me sale por una pasta. Mi pregunta es: ¿Puedo elegir una de ellas en modulo y otra en estimación directa?
¿Sera más cómodo para mi a la hora de gestionar las declaraciones y contabilidad? ¿O no?