Declaración iva

Hola,
tengo una duda sobre el iva que declare en el año 2009. Verás, ¿tengo una factura por importe de 12000? Que me envío un proveedor cuando la recibí cambié la fecha de factura para que me cuadrase ya que me di de alta en autónomos en julio y pensé que facturas anteriores no podía meterlas en la declaración del tercer trimestre. Supongo que la empresa habrá presentado la factura con su fecha original aunque ya les comenté el problema. ¿Cómo la declaración anual sale a mi favor por un importe de 3.000? Y todavía no me la han devuelto, mi duda es de si hacienda se podría mosquear por ésto o es una tontería. Como fue mi primera declaración estoy un poco perdida y tengo miedo de si hacienda me hace una inspección.
Un saludo.

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